여러 업종을 영위하고 있는 법인이 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전할 경우, 모든 업종이 아닌 하나의 업종만 2년 이상 영위하더라도 조세특례제한법 제63조에 따른 세금 감면 혜택 대상이라는 국세청의 유권해석이 나왔다.

A법인은 수도권 과밀억제권역에 본점과 공장을 두고 제조업을 운영하고 있는 소기업으로, 개업 직후인 2020년 3월부터 B업종을, 2023년 9월부터는 C업종을 같은 공장에서 함께 생산하고 있다. A법인은 2023년 11월, 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 기존공장에서 사용하던 제조설비를 모두 이전하고 B·C업종 모두 계속 영위하기로 결정했다.

다만, C업종은 '수도권 밖으로 공장을 이전하기 전에 새로운 업종을 추가해 2년 미만을 영위하고 이전한 경우'에 해당하기 때문에, A법인은 공장 이전 후 C업종에서 발생한 소득이 조세특례제한법 제63조에 따른 감면대상소득에 해당하는지 국세청에 질의했다.

국세청은 회신을 통해 "하나의 업종을 영위한 기간은 2년 이상이나 나머지 업종을 영위한 기간이 2년 미만이더라도, 수도권 과밀억제권역에서 해당 공장시설을 갖추고 계속해 사업을 영위한 기간이 2년 이상인 경우에는 조세특례제한법 제63조 제1항 제1호 가목의 '수도권 과밀억제권역에 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 한 기업'에 해당한다"고 답변했다.

이어 국세청은 "수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하면서 2년 이상 영위한 업종은 폐업하고 2년 미만 영위한 업종만 이전하는 등 실질적으로 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전한 법인의 영위업종이 주로 2년 미만인 경우에는 감면대상에 해당되지 않는다"고 덧붙였다.

수도권정비계획법(수정법)은 산업과 인구가 과도하게 서울에 밀집되는 현상을 줄이고, 지역이 균등하게 발전할 수 있도록 권역을 구분하는 것을 목적으로 한다. 수정법에 따르면 수도권은 서울시·수원시·성남시 등이 속한 과밀억제권역, 안산시·오산시·평택시 등이 포함된 성장관리권역, 이천시·광주시·여주시 등이 있는 자연보호권역 등 세 권역으로 분류된다.

수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업할 경우 청년은 최대 100%, 청년 외의 자는 최대 50%까지 소득세·취득세 등에 대해 세액감면을 받을 수 있다. 또, 기존 과밀억제권역에 자리하던 법인이 과밀억제권역 외의 지역으로 옮길 경우 세금 감면 혜택 등을 제공하고 있다.

[관련 법령]

□ 조세특례제한법 제63조【수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등】

① 제1호 각 목의 요건을 모두 갖춘 내국인(이하 이 조에서 "공장이전기업"이라 한다)이 공장을 이전하여 2025년 12월 31일(공장을 신축하는 경우로서 공장의 부지를 2025년 12월 31일까지 보유하고 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우에는 2028년 12월 31일)까지 사업을 개시하는 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득(공장이전기업이 이전 후 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 제2호의 구분에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 내국인인 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세액감면 요건
가. 수도권과밀억제권역에 3년(중소기업은 2년) 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 한 기업일 것
나. 공장시설의 전부를 수도권(중소기업은 수도권과밀억제권역) 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것
다. 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 다음의 구분에 따른 요건을 갖출 것
1) 중소기업이 공장시설을 수도권 안(수도권과밀억제권역은 제외한다)으로 이전하는 경우로서 본점이나 주사무소(이하 이 조 및 제63조의2에서 "본사"라 한다)가 수도권과밀억제권역에 있는 경우: 해당 본사도 공장시설과 함께 이전할 것
2) 중소기업이 아닌 기업이 광역시로 이전하는 경우 : ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣ 제2조제8호에 따른 산업단지로 이전할 것

2. 감면기간 및 감면세액
가. 공장 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(공장 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 다음의 구분에 따른 기간 이내에 끝나는 과세연도: 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액
1) 수도권 등 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우: 5년
2) 수도권 밖에 소재하는 광역시 등 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우
가) 위기지역, ｢지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법｣에 따른 성장촉진지역 또는 인구감소지역(이하 이 조 및 제63조의2에서 "성장촉진지역등"이라 한다)으로 이전하는 경우: 7년
나) 가)에 따른 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 5년
3) 1) 또는 2)에 따른 지역 외의 지역으로 이전하는 경우
가) 성장촉진지역등으로 이전하는 경우: 10년
나) 가)에 따른 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 7년
나. 가목에 따른 과세연도의 다음 2년[가목2)가) 또는 같은 목 3)나)에 해당하는 경우에는 3년] 이내에 끝나는 과세연도: 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 공장이전기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 및 법인세로 납부하여야 한다.
1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권(중소기업은 수도권과밀억제권역) 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우
3. 수도권(중소기업은 수도권과밀억제권역)에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장(중소기업이 수도권 안으로 이전한 경우에는 공장 또는 본사)을 설치한 경우

⑦ 제1항, 제4항 또는 제5항을 적용받으려는 공장이전기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제60조【수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등】

② 법 제63조제1항제1호가목에 따른 세액감면 요건이란 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설을 수도권 밖(중소기업의 경우 수도권과밀억제권역 밖을 말한다.)으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년(중소기업의 경우 2년) 이상 계속 조업(｢대기환경보전법｣, ｢물환경보전법｣ 또는 ｢소음ㆍ진동관리법｣에 따라 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것을 말한다.

③ 법 제63조제1항제1호나목에서 "공장시설의 전부를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것"이란 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 법 제63조제4항을 적용할 때에는 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도하는 경우로 한정한다.
1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역 안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 해당 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것
2. 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 2년 이내에 수도권 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시해야 한다.

④ 법 제63조제1항제2호가목1)에서 "수도권 등 대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다. 다만, 제2호의 지역은 해당 지역으로 이전하는 기업이 중소기업인 경우로 한정한다.
1. 당진시, 아산시, 원주시, 음성군, 진천군, 천안시, 춘천시, 충주시, 홍천군(내면은 제외한다) 및 횡성군의 관할구역
2. ｢수도권정비계획법｣ 제6조제1항제2호 및 제3호에 따른 성장관리권역 및 자연보전권역

⑤ 법 제63조제1항제2호가목2)에서 "수도권 밖에 소재하는 광역시 등 대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다.
 1. 수도권 밖에 소재하는 광역시의 관할구역
 2. 구미시, 김해시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시 및 포항시의 관할구역

⑫ 법 제63조제7항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위 등】

① 법 제60조 및 제63조에서 "공장"이란 각각 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

□ 조세특례제한법 기본통칙 60-54…1【독립된 제조장의 범위】

① 영 제54조 제1항에서 "제조 또는 사업단위로 독립된 것"이라 함은 동일부지 내에 원재료투입공정으로부터 제품생산공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 갖춘 장소(생산에 직접 공여되는 공장구내창고, 사무실, 종업원을 위한 기숙사, 식당 및 사내훈련시설 등을 포함한다. 이하 같다)와 그 부속토지로 한다.

② 두 가지 이상의 제품(제조공정이 서로 무관한 제품에 한한다)을 생산하는 내국인이 동일부지 내에 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 있는 경우에는 각 제품별 제조설비를 갖춘 장소와 그 부속토지를 각각 독립된 제조장단위로 한다. 이 경우 부속토지 중 각 제품의 생산에 공통적으로 사용됨으로서 구분할 수 없는 경우에는 각 제품의 생산에 직접적으로 사용되는 토지의 면적에 비례하여 계산된 각각의 면적을 각 제품제조설비의 부속토지로 한다.

□ 조세특례제한법 기본통칙 63-60…1【2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장의 범위】

① 영 제60조 제1항에서 "2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장"이라 함은 제조장단위별로 2년 이상 조업한 경우를 말하며, 제조시설 중 일부가 2년 미만 조업한 경우에도 당해 제조장을 2년 이상 조업한 경우에는 2년 이상 조업한 것으로 본다.

[참고 : 국세법령정보시스템 서면-2022-법규법인-3372]